$file1 = "HG-U133A.CDF";
$file2 = "HG-U133_Plus_2.cdf";
open(BUFF2,$file2);
open(BUFF1,$file1);
open(WRBUFF,">output_plus2_hguA1.txt");
#open(WRBUFF1,">out_validate_ht_plus_map.txt");
while($line = <BUFF1>)
{
        if($line =~ m/Cell(\d+)/ && $line =~ m/_at/)
        {
                @line = split("\t",$line);
                @liney = split("\=",$line[0]);
                if($line[7] eq $line[8])
                {
                    #    print WRBUFF $line[4]."\t".$line[5]."\t"."pm"."\t".$liney[1]."\t".$line[1]."\n";
			$hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."pm"} = $liney[1]."\t".$line[1];
                }
                else
                {
                     #    print WRBUFF $line[4]."\t".$line[5]."\t"."mm"."\t".$liney[1]."\t".$line[1]."\n";
			$hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."mm"} = $liney[1]."\t".$line[1];
                }
        }

}

while($line = <BUFF2>)
{
	if($line =~ m/Cell(\d+)/ && $line =~ m/_at/)
	{
		@line = split("\t",$line);
		@liney = split("\=",$line[0]);
		
		if($line[7] eq $line[8])
		{	if($hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."pm"} == "")
			{
				print "empty\n";
			}
			print WRBUFF $line[4]."\t".$line[5]."\t"."pm"."\t".$liney[1]."\t".$line[1]."\t".$hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."pm"}."\n";
		}
		else
		{
			 if($hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."mm"} == "")
                        {
                                print "empty\n";
                        }

			 print WRBUFF $line[4]."\t".$line[5]."\t"."mm"."\t".$liney[1]."\t".$line[1]."\t".$hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."mm"}."\n";
		}
#		print WRBUFF1 $line[4]."\t".$line[5]."\t"."m"."\t".$liney[1]."\t".$line[1]."\t".$hi{$line[4]."\t".$line[5]."\t"."pm"}."\n";
	}

}
